社員が会社に無断で残業したとき、その残業に対する賃金の支払うべきでしょうか。

会社の命例がない残業は認めなくともよいですが、実質的に残業命令をしていると追認されれば支払い対象になります。

【残業の命令】
残業は、業務の必要性から会社が命令して初めて残業となります。会社は、業務命令にもとづかない業務（この場合は残業）は労働時間として取り扱う必要はありません。実際に、終業時間後もダラダラと居残りして同僚としゃべっている時間も残業手当の対象になることは、会社としては納得ができないでしょう。

ただし、使用者による業務の明示的な指示がない労働時間でも、黙示的な指示があると認められる場合には、正規の労働時間として取り扱われることになりますので注意が必要です。

【実質的には業務命令の残業であるとみなされる場合】
上司が残業を行っていることを認識している場合、直接には残業命令をしていなくても残業をしていることを知っていてそのままにしているならば、「残業が必要な業務状態であること」を暗に認めたことになるでしょう。この場合、「命令していないから残業代は払わない」という理屈は通じません。

使用者が追認したのであれば、残業時間が労働時間として取り扱われる可能性が高いでしょう。労働時間の管理は使用者の義務ですから、使用者が「残業は不要である」ときちんと判断する場合には帰宅命令を行うべきです。上司のあいまいな態度、無責任さがトラブルを招くこともあります。