社員が自主的にサービス残業していることが当局に関知されると、会社は罰せられる可能性があります。
会社には雇用している労働者に対する安全配慮義務というものがあり、長時間労働によって社員の健康が損なわれないようにするために、労働時間の適正な把握と管理が義務付けられているのです。 

労働時間の適正な把握のために会社がすべきこと

会社には労働者の労働時間をきちんと「管理し、把握する」必要があります。そのために何をすべきかについて、厚生労働省が基準を出しています。

その 1：始業・終業時刻の確認・記録

使用者は、労働時間を適正に管理するため、労働者の労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、これを記録すること。

労働時間の適正な把握を行うためには、単に 1 日何時間働いたかを把握するのではなく、労働日ごとに始業時刻や終業時刻を使用者が確認・記録し、これを基に何時間働いたかを把握・確定する必要があるとしています。

つまり、「いつ出勤して、いつ勤務終了したか」についても記録をさせて、把握しなければならないということです。

その 2：始業・終業時刻の確認及び記録の原則的な方法

使用者が始業・終業時刻を確認し、記録する方法としては、原則として次のいずれかの方法によることを例示しています。

 （ア）　使用者が、自ら現認することにより確認し、記録すること。

 （イ）　タイムカード、ＩＣカード等の客観的な記録を基礎として確認し、記録すること。

（ア）について

「自ら現認する」とは、使用者自ら、あるいは労働時間管理を行う者が、直接始業時刻や終業時刻を確認することです。なお、確認した始業時刻や終業時刻については、該当労働者からも確認することが望ましいものです。極端に言えば、毎朝社長のもとへ始業報告に来させるなどの確認方法を指すのでしょう。

（イ）について

タイムカード、ＩＣカード等の客観的な記録を基本情報とし、必要に応じて、例えば使用者の残業命令書及びこれに対する報告書など、使用者が労働者の労働時間を算出するために有している記録とを突き合わせることにより確認し、記録して下さい。

なお、タイムカード、ＩＣカード等には、ＩＤカード、パソコン入力等が含まれます。

つまり、厚労省の基準によると、基本的にはタイムカードなどの１分単位で打刻される類の管理方法を推奨しているということです。単に出勤印を押すだけの出勤表では始業就業時刻や残業時間が分からないからダメ、ということになります。