フレックスタイム制のもとでは、清算期間を通じて、法定労働時間の総枠を超えて労働した時間が時間外労働としてカウントされます。

法定労働時間の総枠とは

１ヶ月ごとに清算期間を設定した場合、総枠は次の計算式で求めます。

１週間の法定労働時間×清算期間の週数（清算期間の暦日数÷７）

例えば週40時間の法定労働時間制の対象となる業種の、暦日数が31日の月における総枠は40時間＊31日/7日＝177.14となります。

フレックスタイム制を採用した場合には、この総労働時間の範囲内で、日ごとの労働時間については労働者自らの決定に委ねられます。したがって、フレックスタイム制においては、清算期間を単位として時間外労働を判断することになるので、36協定において「１日」の延長時間について協定する必要はなく、「１か月」「１年」の延長時間を協定します。

（フレックスタイム制において残業をする可能性がある場合は36協定の届け出がやはり必要になります）

先の例の場合、1ヶ月に177.14時間を超えて労働させた場合に割増賃金の支払いが必要になります。

休日労働は別計算

フレックスタイム制のもとで、休日労働（１週間に１日の法定休日に労働すること）を行った場合には、休日労働の時間は、清算期間における総労働時間や時間外労働とは別個のものとして取り扱われます。（35％以上の割増賃金率で計算した賃金の支払が必要）

割増率については、休日労働も含んだ総労働時間によって以下のようになります。

⑴法定休日が総労働時間の枠内である場合

⇒月給制の場合、法定休日労働を含む総労働時間がその月の総労働時間の枠内であれば、

すでに月給として100％の賃金が支払われていることになるのでその時間については35％のみの時間外手当を支払うことで足ります。

⑵法定休日が総労働時間の枠外である場合

⇒135％以上の率で計算した割増賃金の支払いが必要です。