通勤手当は実否弁償的な意味合いが強いため、本人の所得を計算する上では非課税となります。ただし、近所から通勤する社員に多額の通勤手当を支払うなど、本来かかるであろう実費を超えて支給している場合は、名前が通勤手当であっても全額非課税とされないことがあります。

通勤手当の非課税限度額については通勤方法別に以下のような基準が決まっています。

１、交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当

⇒１か月当たりの合理的な運賃等の額（最高限度　100,000円）

２、自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当

通勤距離が片道55キロメートル以上である場合         31,600円            

通勤距離が片道45キロメートル以上55キロメートル未満である場合   28,000円

通勤距離が片道35キロメートル以上45キロメートル未満である場合   24,400円

通勤距離が片道25キロメートル以上35キロメートル未満である場合   18,700円

通勤距離が片道15キロメートル以上25キロメートル未満である場合   12,900円

通勤距離が片道10キロメートル以上15キロメートル未満である場合   7,100円

通勤距離が片道２キロメートル以上10キロメートル未満である場合     4,200円

通勤距離が片道２キロメートル未満である場合           （全額課税）      

３、交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券   

⇒１か月当たりの合理的な運賃等の額（最高限度　100,000円）

４、交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券             

⇒１か月当たりの合理的な運賃等の額と２の金額との合計額（最高限度　100,000円）

つまり、電車やバスの定期券や定期代は１０万円までは非課税ですが、車やバイク、自転車などを使用する通勤については「距離によって」非課税限度額が設定されています。